Actualmente, en Panamá existen seis comarcas indígenas. En cuanto a la participación política, se permite a los integrantes de las comarcas elegir diputados, alcaldes, concejales y representantes de corregimientos. Actualmente, 7 de los 71 diputados de la Asamblea Nacional son indígenas.
Cada comarca posee un gobierno semiautónomo, es decir, aunque forman parte de Panamá, no se rigen por las leyes del país, sino que cada comarca tiene independencia en la creación de sus propias instituciones, leyes, procesos judiciales y recaudación de impuestos. Las comunidades indígenas instauran a sus líderes como gobernantes, cobran las visitas turísticas en su territorio, toman decisiones judiciales con base en creencias de sus comunidades, ejecutan actividades económicas propias y ejecutan sus propias leyes; por ejemplo, durante la pandemía del covid-19, las comarcas indígenas retiraron el uso obligatorio de mascarillas un año y medio antes de que lo aprobara el gobierno nacional.